Sorvolando sul fatto che le grandi dinastie reali non hanno necessità di codificare la loro realtà anagrafica costringendola in un cognome vero e proprio, almeno inteso in senso moderno, potremmo chiederci quale fosse quello di Elisabetta. Seguendo il principio moderno potremmo affermare che si chiamasse Elisabetta Amalia Eugenia von Wittelsbach-Zweibrücken-Brikenfeld-Gelnhausen coniugata in Habsburg-Lotharingen. A interessarci è però la famiglia paterna, ramo collaterale della dinastia reale dei Wittelsbach. Cerchiamo quindi, per quanto possibile, di fare chiarezza districandoci tra i contorti rami di un albero genealogico vecchio più di mille anni. Va infatti ricordato che i Wittelsbach sono una delle dinastie più longeve di tutta Europa.
Da sempre legati ai territori bavaresi, i Wittelsbach generano da Ottone di Scheyern il cui terzogenito, Ottone anch'esso, ereditando il titolo di conte di Dachau acquistò come residenza personale il castello di Wittelsbach. Da lui generò la dinastia che prese il nome da quella turrita residenza di cui oggi purtroppo non esistono che poche rovine. Numerose sono le vicende che si possono raccontare sui membri di questa dinastia, alcuni furono perfino imperatori, ma ci interessa soprattutto ricordare che la famiglia si divise in due rami principali: quello regnante in Baviera col titolo di duchi (estinti nel 1777) e quello regnante nella regione del Palatinato col titolo di conti palatini (poi subentrati ai Baviera ed esistenti ancora oggi). La famiglia di Sissi discende da un ramo collaterale di questi ultimi. Per risalire al formarsi di questo ramo dobbiamo retrocedere fino al 1569, quando il duca Wolfango del Palatinato-Zweibrücken (1526-1569) morì dividendo i propri territori tra i figli: al maggiore, Giovanni (1550-1604), spettò il titolo più importante di elettore palatino (carica che permetteva di sedere nel consiglio che eleggeva l'imperatore) e duca di Zweibrücken, mentre al minore, Carlo (1560-1600), quello di conte palatino di Birkenfeld. Quest'ultimo a sua volta divise i suoi titoli tra i figli: a Giorgio Guglielmo (1591-1669) assegnò la contea di Birkenfeld e a Cristiano (1598-1654) quella di Bischweiler. Giorgio a sua volta lasciò la contea palatina di Birkenfeld al figlio Cristiano II (1637-1717) e quella più piccola di Gelnhausen a Giovanni Carlo (1638-1704). Quest'ultimo ebbe un figlio, Giovanni (1698-1780), il cui figlio, Guglielmo (1752-1837), nel 1799 fu costretto a rinunciare all'amministrazione diretta di Gelnhausen, che venne inglobata in altri stati, dovendo accontentarsi del titolo puramente onorifico di duca “in” Baviera in ragione di una vecchia patente che assegnava a tutti gli esponenti della famiglia il diritto di vantare il titolo ducale. La questione fu spinosa perché il titolo di “duca di Baviera” spettava anche al ramo principale: l'allora capo famiglia, il re di Baviera Massimiliano I Giuseppe, la risolse accordando al lontano cugino il titolo di duca “in” e non “di” Baviera più il diritto di fregiarsi del titolo di “Altezza Reale”. Nonostante la perdita dell'amministrazione e dei diritti dinastici sul territorio di Gelnhausen, la famiglia continuò a portarne il nome. Il figlio di Guglielmo, il duca Pio, ebbe un solo figlio, il duca Massimiliano (Max), ossia il padre di Sissi. Va precisato però che quando si legge che i genitori di Elisabetta erano cugini di secondo grado non è in virtù di questa lontana discendenza comune, ma per via del fatto che Guglielmo, nonno di Max, sposò Maria Anna di Wittelsbach-Zweibrücken-Birkenfeld, sorella del re di Baviera Massimiliano I Giuseppe, ossia il padre di Ludovica (madre di Sissi). Per riassumere: la nonna di Massimiliano era la zia di Ludovica.
Oggi la discendenza di questo ramo è ancora presente. Dal momento che Luigi, il fratello maggiore di Sissi e primogenito del duca Max dovette rinunciare formalmente al titolo per sposare Enrichetta Mendel, il titolo di duca in Baviera passò al fratello Carlo Teodoro, il quale ebbe due figli maschi: Ludovico Guglielmo (1884-1968) e Francesco Giuseppe (1888-1912 morto senza figli). Ludovico Guglielmo (ultimo a portare il titolo di duca in Baviera) adottò Massimiliano Emanuele (1937) a sua volta figlio di Alberto di Baviera del ramo principale dei Wittelsbach e quindi formalmente erede al trono: i due rami divisi 500 anni fa si sono così formalmente riuniti. Il titolo oggi è portato informalmente dai discendenti maschi di Massimiliano Emanuele, fratello minore di Carlo Teodoro e di Sissi.